細胞培養后，需要對其生長情況、形態甚至生物學性狀進行觀察。由于細胞小而復雜，若不借助適當的手段，難以觀察其形態、結構，更難發現細胞內各種組分的分子組成及功能。目前，已有多種研究細胞的技術，從光學顯微鏡到電子顯微鏡，從一般細胞化學法到免疫化學法。細胞染色是研究細胞生物學特征的一種常用手段，然而，對于細胞實驗新手來說，想要獲得一張漂亮的細胞染色圖并不容易。染色試劑不會選、細胞染色不均勻、染色時切片脫落等都是很常見的問題。
細胞膜常用染料DiD、DiR、DiO和DiI染料是最常見的細胞膜染料（見表2），它們是一族親脂性的熒光染料，用于細胞的形態學和結構研究。該系列染料進入細胞膜后，會在整個細胞膜上側向擴散，在比較好濃度時可以使整個細胞膜染色。其中DiD染料的染色效率高，染色均一，熒光不易猝滅，無明顯細胞毒性，且受自身熒光背景干擾小。目前DiD已成功應用于多種細胞的體內示蹤研究，如Treg細胞、間充質干細胞、腫瘤細胞、造血干祖細胞等。 DiD，DiO，DiI，DiR和DiS染料是一族親脂性的熒光染料，可以用來染細胞膜和其它脂溶性生物結構。廣東武漢熒光染料
Hoechst33342是一種可透過細胞膜并對DNA染色的細胞核染色試劑，它在嵌入雙鏈DNA后釋放強烈的藍色熒光。Hoechst33342常用于細胞凋亡檢測，染色后用熒光顯微鏡觀察或流式細胞儀檢測。Hoechst33342-DNA的激發和發射波長分別為350nm和460nm。可溶于水。4.染色程序：（1）用PBS或合適的緩沖液制備10～50μMHoechst33342染料。（2）將1/10細胞培養基體積的Hoechst染料溶液加入細胞培養物中（可以用1/10濃度的Hoechst染料緩沖液代替培養基）。（3）在37℃培養細胞10～20分鐘。（4）用PBS或合適的緩沖液洗細胞兩次。（5）用帶有350nm激發波長，460nm發射波長的濾光片的熒光顯微鏡觀察細胞。細胞熒光染料Fluor 488PI是一種可對DNA染色的細胞核染色試劑，它在嵌入雙鏈DNA后釋放紅色熒光。
羰花青染料***用作Di來標記細胞、細胞器、脂質體、病毒和脂蛋白。長鏈羰花青包括DiO(DiOC18(3))、DiI(DiIC18(3))、DiD(DiIC18(5))和DiR，以及二烷基氨基苯乙烯基染料DiA(4-Di-16-ASP)用于標記膜和其他疏水結構。DiIC16(3)具有比DiI(C18)更短的烷基取代基(C16)。它們在脂質環境中具有極高的消光系數、環境依賴性熒光和短的激發態壽命。它們在室溫下是油狀物，在水中發出微弱熒光，但當摻入膜中或與親脂性生物分子結合時，它們發出高熒光且相當耐光。這些光學特性使它們成為細胞質膜染色的理想選擇。一旦應用于細胞，這些染料就會在質膜內橫向擴散，導致整個細胞染色[1]。DiO、DiI、DiD和DiR呈現出不同的綠色、橙色、紅色和紅外熒光，從而促進活細胞的多色成像和流式細胞術分析。DiO和DiI可分別與標準FITC和TRITC過濾器一起使用。其中DiI及其類似物是**常用的，因為它們通常表現出非常低的細胞毒性。此外，DiI***用于測定LDL和HDL等脂蛋白。親脂性氨基苯乙烯基染料DiA也常用于神經元示蹤[2]。
3.粘壁細胞的染色（1）使粘壁的細胞在無菌實驗室培養。（2）從培養基中移走蓋玻片，吸走過量培養液，將蓋玻片放在潮濕的環境中。（3）在蓋玻片的一角加入100μL的染料工作液，輕輕晃動使染料均勻覆蓋所有細胞。（4）在37℃培養細胞2～20分鐘，不同的細胞比較好培養時間不同。（5）吸干染料工作液，用培養液洗蓋玻片2～3次，每次用預溫的培養基覆蓋所有細胞，培養5～10分鐘，然后吸干培養基。
4.顯微鏡檢測（1）DiD，DiO，DiI，DiR和DiS濾光器的選擇參見表1。（2）多色染料的同時檢測，濾光器按照以下設定：a)DiI和DiO＝OmegaXF52，Chroma51004；b)DiI和DiD＝OmegaXF92，Chroma51007；c)DiI，DiO和DiD＝OmegaXF93，Chroma61005
5.流式細胞儀的檢測DiD，DiO，DiI，DiR和DiS染色的細胞可以分別用經典的FL1，FL2，FL3和FL4流式細胞儀檢測。 脂溶性熒光染料cy3、cy5、cy7等。
羅丹明屬于呫噸族。與市場上的許多其他染料相比，羅丹明具有出色的光穩定性以及許多光物理特性，使其非常適合用作激光染料、熒光探針和顏料。它們在聚合物納米粒子表面的表征、聚合物-生物偶聯物的檢測、活細胞的成像以及寡核苷酸在膠乳上的吸附分析等方面特別有用。羅丹明熒光染料的衍生物也用作：分子開關，病毒表面修飾，化學傳感器，硫醇。不同類型的染料通過它們各自的取代基（R1、R2、R3、R4和G）來區分。由于它們的差異，這些熒光染料在溶液中也表現出不同的光物理特性（例如不同的熒光壽命和發射比較大值）。氨基被剛性化的羅丹明染料無論溫度范圍如何都表現出高量子產率，而在每個氮處具有兩個烷基取代基的那些表現出活化的內部轉化，量子產率和熒光壽命隨溫度的變化而變化。羅丹明101和羅丹明B是一些**常用的羅丹明染料具有以下特點：--羧基傾向于在酸性溶液中質子化--染料轉化為兩性離子堿性溶液--兩性離子染料在極性較小的有機溶劑中變為無色內酯要將羅丹明用作熒光探針，必須對其進行修改。這可以通過(thexanthenemoiety)氨基、羧基苯基環或羧酸基團的修飾來實現。與TRITC一樣，羅丹明(NHS-rhodamine)的熒光特性為544nm（比較大吸收波長）和576nm（比較大發射）。吲哚菁綠（Indocyanine Green，簡稱ICG）是一種廣泛應用于醫學和生物領域的熒光染料。石家莊熒光染料DIO
D-熒光素鉀鹽是熒光素酶的水溶性底物，存在于多種發光生物體中。廣東武漢熒光染料
CY7是一種CY染料。CY為花菁(Cyanine)的縮寫，是由奇數個甲基單元連接的兩個氮原子組成的化合物。菁類化合物具有波長長、吸收和發射可調、消光系數高的特點CY系染料常被用于蛋白、抗體以及小分子化合物的標記，對于蛋白抗體的標記，可以通過簡單的混合反應來完成結合，下面我們介紹了蛋白抗體標記的標記方法，具有一定的參考意義。一、比較好蛋白制備1)為獲得標記效果，請制備蛋白(抗體)濃度為2mg/mL。2)蛋白溶液的pH值為8.5±0.5。如果pH值低于8.0，應使用1M3)如果蛋白濃度低于2mg/mL，標記效率會**降低。為獲得比較好標記效率，建議**終蛋白濃度范圍為2-10mg/mL。4)蛋白必須在不含伯胺(如Tris或甘氨酸)的緩沖液中，和銨離子，否則會影響標記效率。2.染色制備(以CY3-NHS酯為例)將無水DMSO加入CY3-NHS酯小瓶中，制備成10mM儲備液。通過移液器或渦旋混合均勻計算。使用前需先使用縮合液(500μg/mL)(HY-D0178)活化另一個可進行后續標記實驗。廣東武漢熒光染料