酶法提取是指可溶性膠原和酸溶性膠原被提取后，需用一些蛋白酶，如膠原酶、胃蛋白酶、木瓜蛋白酶和胰凝乳蛋白酶等水解，得到不同的酶促溶性膠原蛋白。所使用的蛋白酶主要分3種：動物蛋白酶（如胰蛋白酶，胃蛋白酶），植物蛋白酶（如木瓜蛋白酶，菠蘿蛋白酶），微生物蛋白酶（如堿性蛋白酶，中性蛋白酶）。在對酶法水解膠原蛋白的研究中，以堿性蛋白酶應用較多。將膠原進行限制性降解，即將末端肽切割下來，由于膠原肽鏈間的共價鍵都是通過分子末端肽里的賴氨酸或羥賴氨酸的相互作用形成的，末端肽被切下后，含三螺旋結構的主體部分可溶于稀有機酸而被提取出來。用酶處理，可以水解掉膠原纖維蛋白的末端肽，提高膠原蛋白的產率；而且還不會破壞膠原蛋白的三股螺旋結構，保持其特性。影響酶提取的因素有很多，如酶濃度、酶與底物的比例、酶解時間、酶解溫度、pH值以及料液比等。在實際操作中，大多數采用酶復合法提取膠原蛋白，較多的是使用胃蛋白酶提取，有機酸多為乙酸。 無脊椎動物與脊椎動物在進化上相距遙遠，它們的膠原性質存在明顯的差異。湖北大豆膠原蛋白肽
在水產動物體內膠原蛋白含量高于陸生動物，如鰱魚、鳙魚和草魚魚皮的蛋白質含量分別為、，均高于各自相應魚肉的蛋白質含量：、。而魚皮中的膠原含量比較高可超過其蛋白質總量的80%，較魚體的其它部位要高許多，有研究報道真鯛魚皮中膠原蛋白占粗蛋白的，鰻鱺則高達。如此高的含量意味著得率也高，如小鮪鰹；日本海鱸；香魚；黃海鯛；竹莢魚（均以干重計）。但膠原蛋白的種類要少得多，已從魚類中分離鑒定出的膠原類型有：比較廣分布在真皮、骨、鱗、鰾、肌肉等處的I型、軟骨和脊索的Ⅱ型和Ⅺ型以及肌肉的V型。而魚皮和魚骨所含的Ⅰ型膠原蛋白是其主要膠原蛋白。此外，還發現ⅩⅧ型膠原，然而哺乳動物中含量比較豐富的Ⅲ型膠原，在水產動物中尚未發現。其中只有Ⅰ型膠原蛋白的價格人們才可以接受；其它類型的膠原如Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ等只在研究中制備，由于價格昂貴都不宜于大量生產。 山東骨膠原蛋白口服液膠原蛋白就好比一鍋才煮了一會兒的奶白色雞湯。
隨著各類香腸制品在肉制品中所占的比例越來越大，天然的腸衣制品嚴重缺乏。研究人員正致力于替代品的開發，以膠原蛋白質為主要的膠原腸衣本身是營養豐富的高蛋白物質，在熱處理過程中隨著水分和油脂的蒸發與溶化，膠原幾乎與肉食品的收縮率一致，而其他的可食用包裝材料還沒有被發現具有這種品質。另外，膠原蛋白本身具有固定化酶的功能，具有抗氧化性，可以改善食品的風味和質量。產品應力與膠原蛋白含量的多少成正比，而應變則成反比。膠原蛋白是人體骨骼，尤其是軟骨組織中的重要組成成分。膠原蛋白就像骨骼中的一張充滿小洞的網，它會牢牢地留住就要流失的鈣質。沒有這張充滿小洞的網，即便是補充了過量的鈣，也會白白地流失掉。而膠原蛋白的特征氨基酸羥基脯氨酸是血漿中運輸鈣到骨細胞的工具。骨細胞中的骨膠原是羥基磷灰石的黏合劑，它與羥基磷灰石共同構成了骨骼的主體。而骨質疏松的實質是合成骨膠原的速度跟不上需要，換言之，新的骨膠原的生成速度低于老的骨膠原發生變異或老化速度。研究表明，如果缺少膠原蛋白，補充再多的鈣質也無法防止骨質疏松，因此，只有攝入足夠的可與鈣結合的膠原蛋白，才能使鈣在體內被較快消化吸收，且能較快的達到骨骼部位而沉積。
相對于較大分子膠原蛋白而言，膠原三肽更能有效的服務于人類的健康與美麗。膠原三肽主要具有以下功能：滋養：膠原三肽對皮膚的滲透性較膠原蛋白更強，它可透過角質層與皮膚上皮細胞結合，參與和改善皮膚細胞的代謝，使皮膚中的膠原蛋白活性加強，保持角質層水分及纖維結構的完整性，改善皮膚細胞生存環境和促進皮膚組織的新陳代謝，增強血液循環，達到滋潤皮膚的目的。亮膚：皮膚的光澤取決于含水量，膠原三肽良好的保水能力使皮膚水潤亮澤，散發健康的光彩。緊膚：當膠原三肽被皮膚吸收后，填充在皮膚真皮之間，增加皮膚緊密度，產生皮膚張力，縮小毛孔，使皮膚緊繃而富有彈性！防皺：真皮中含有豐滿的膠原蛋白層，而補充膠原三肽，能更有效的將皮膚細胞撐起，結合保濕和抑制皺紋的作用，共同達到舒展粗紋，淡化細紋的功效！ 在這些酶的較適作用溫度下提取可能會破壞膠原蛋白的某些功能特性和生物活性。
堿法提取即利用一定濃度的堿在一定的外界條件下提取膠原蛋白，堿處理法中常用的處理劑為石灰、氫氧化鈉、碳酸鈉等，用氫氧化鈉浸提時效果較好。一般的是把樣品勻漿后，用堿溶液多次溶脹后，再離心提取。但由于易引起蛋白質變性，如膠原肽鍵水解，含羥基、疏基的氨基酸全部被破壞；所得產物等電點pH值較低，天冬酞胺和谷氨酞胺分別轉變為天冬氨酸和谷氨酸，得到的水解產物分子量較在酸性溶液中比低等問題，若比較嚴重的話，還會產生D、L-型氨基酸消旋混合物，若D型氨基酸含量高過L型氨基酸，則會抑制L-型氨基酸的吸收，有些D型氨基酸有毒，甚至有致ai、致畸和致突變的作用。而且堿法提取的含量較低，用氫氧化鈉從魷魚皮中提取堿溶性膠原蛋白，其得率只有3%（以濕基計）。所以，若想提取結構完整、使用安全的膠原蛋白，很少采用此方法。有關單獨采用堿法提取膠原蛋白的報道不多，一般是堿法提取和酸法提法結合使用。比如在4℃條件下，魚骨用，再用，用10%的異丙醇溶液去除脂肪，，現在得到無色無味的膠原蛋白，提取率為。 膠原的熱穩定性是指測定其在水系中纖維的熱收縮溫度。廣東海鯛魚膠原蛋白肽口服液
真皮中含有豐滿的膠原蛋白層，而補充膠原三肽，能更有效的將皮膚細胞撐起。湖北大豆膠原蛋白肽
膠原蛋白的熱變性溫度可以通過測定膠原蛋白溶液增比黏度的變化來確定。其方法是將膠原蛋白樣品溶于一定量的緩沖溶液中，并配制成一定濃度的溶液，然后用烏式黏度計測量溶液在一定溫度區間內保持一定時間后的增比黏度，以增比黏度對溫度作圖，當增比黏度變化50%時所對應的溫度即為熱變性溫度。熱變性溫度還可通過拉曼光譜和差示掃描量熱法等進行測定。有人測得鱸魚、鯽魚和鳙魚魚皮膠原蛋白的熱變性溫度分別為25、27和30℃，它們的棲息水溫分別為26～27、29和32℃，亞氨基酸含量分別為、，與3種魚皮膠原的熱變性溫度相吻合Ⅱ型膠原和Ⅺ型膠原Ⅱ型膠原由三條α1肽鏈組成，即[α1(Ⅱ)]3，富含羥賴氨酸，并且糖化率高，含糖量可達4%，是軟骨中的主要膠原。另外，即使同一生物，皮和骨膠原蛋白的熱變形溫度也可能不一，像來自日本海鱸、鮐魚、大頭鯊和眼斑鲀的皮膠原蛋白的變性溫度為℃，而骨膠原蛋白的變性溫度則為℃。附帶結論是骨膠原蛋白的變性溫度范圍整體上比皮膠原蛋白的變性溫度范圍要高。而且骨膠原蛋白和皮膠原蛋白在不同pH時的溶解度不同。這表明皮和骨膠原蛋白的分子特性和構型存在差異。 湖北大豆膠原蛋白肽
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