在環保工業領域，發酵工程技術也展示出廣闊的應用前景。數據顯示，我國每年由于固體廢棄物造成的經濟損失累計約80億元，而這些廢棄物中有大量的有機物，利用微生物發酵技術可以對廢棄物進行無害化、資源化、減量化處理，變廢為寶。比如有機廢物經堆肥化處理后能變成優良的土壤改良劑和質量肥料。還有針對食品加工產生的廢水，利用酵母循環系統可有效處理，處理后產生的污泥也可作為飼料或肥料而加以利用。相比細菌的活性污泥法，酵母循環系統處理能力是細菌法的5至7倍，能高效地利用資源。菌種分離：根據生產要求和菌種特征性采用各種不同的篩選方法從眾多的雜菌種分離出所需的性能良好的純種。安徽活性發酵品牌
發酵方式分為固態發酵與液態發酵，相比較來說，液態發酵操作更為復雜，產生的廢水較多，但是可使產品品質更加穩定。
傳統發酵食品制造和貯存過程工藝復雜，生產周期較長，影響因素多。傳統發酵食品為混菌發酵體系，微生物群落具有高度的多樣性和復雜性，發酵過程與風味和健康物質產生密切相關，難以準確追溯。
植物提取的功能性營養化學品對于人體健康具有重要意義，然而以往較高生產成本限制了市場的快速成長。隨著合成生物學技術的發展，這些重要的植物天然提取物，已經可以采用發酵技術進行低成本生產。植物提取物廣泛應用發酵技術，可以解決農副產品高值利用難題，提升現有中藥和生物技術企業的技術水平。 中國香港天然發酵單價生長因子是一類通過與特異的、高親和的細胞膜受體結合，調節細胞生長與其他細胞功能等多效應的多肽類物質。
目前，在發酵工業上氧的利用率是很低的。在發酵方面，被微生物利用的氧不超過空氣含氧量的2％。在谷氨酸發酵方面，氧的利用率為10％~30％。就是說，有大量的經過凈化處理的無菌空氣被浪費掉。因此，提高供氧效率，就能較大的降低空氣消耗量，減少動力消耗，且減少染菌機會，減少泡沫形成，提高設備利用率。
一般情況下，對于一個穩定的發酵工藝下，如果總是在固定的發酵時間段出現溶菌現象，而且能排除噬菌體和染菌的可能性后，那就可能是因為碳氮比不合理造成的。可以適當調整碳氮比。
微生物發酵的優勢是可以生產各類不同的成分，即既能生物合成氨基酸、有機酸、黃酮、多酚等易吸收的小分子，也能制造多糖、多肽或蛋白等具有重要功效的大分子。而且，很多表面活性劑、防腐劑等成分也逐步采用發酵技術來制備。此外，在中、日、韓等具有中醫藥文化底蘊的國家，通過微生物發酵中藥材或草本植物生產的化妝品在行業內也有較大的影響力。隨著發酵護膚品在不同國家的**，通過生物發酵技術生產的護膚品勢必進一步得到重視和發展。菌體濃度不僅表示菌休細胞的多少，而且反映菌體細胞生理特性不完全相同的分化階段。
厭氧發酵是廢物在厭氧條件下通過微生物的代謝活動而被穩定化，同時伴有甲烷和CO2產生。
厭氧發酵的優缺點
優點：
厭氧工藝多半是能量的凈生產者，需要的能量很少；
產生的污泥很少；
需要的營養物質少；
會產生甲烷，這是一種能源，能帶來收益；
容積負荷較高，需要的反應器容積小。
缺點：
啟動時間太長；
可能需要補充特定的離子堿度；
為滿足排放的需要，后面通常需要再用好氧工藝進行下一步的處理；
厭氧不具有除氮和除磷的作用，有時候氮、磷含量還會有所增加；
厭氧處理對溫度和有毒物質等外界因素更敏感。 菌體濃度的大小對發酵產物得率會產生重要的影響。甘肅生物發酵菌
生物催化劑：指傳統發酵所利用的微生物外，還包括現在生物技術所利用的動植物細胞或細胞中的酶。安徽活性發酵品牌
這些微生物菌種具有以下特性：
乳酸菌產生有機酸，如乳酸、乙酸、丙酸、甲酸等抑制病原微生物。
芽孢桿菌產生抗某菌物質如抗某菌肽抑制病原微生物。
有益微生物粘附占位，競爭排除，防止病原微生物定植。
刺激免疫反應，增加免疫系統活力；
產生各種消化酶，如蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶、和糖苷酶，提高飼料利用率；
減少毒胺的產生。
乳酸菌：是一群在厭氧環境下能產生大量酶、雙氧水、有機酸、細菌素等抑制病原菌克隆和定值，維持腸道微生態平衡和正常生理功能的革蘭氏陽性細菌。 安徽活性發酵品牌
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