在發酵工程中，“發酵”的含義更廣，既包括好氧發酵，又包括厭氧發酵。好氧發酵，又稱好氣發酵或需氧發酵。在好氧發酵過程中，需要不斷地為微生物提供空氣或O2。在大型工業好氧發酵生產中，常采用裝有噴霧裝置、攪拌裝置和無菌空氣供應系統的大型發酵罐，來保證好氧微生物進行有氧呼吸、正常生長好氧發酵的應用較廣，如氨基酸、酶制劑和多數有機酸等的生產都要經歷好氧發酵。厭氧發酵的過程沒有O2參與，在工業上，常在密封且無空氣的厭氧發酵罐中進行厭氧發酵。厭氧發酵在乳酸菌類制品、啤酒、葡萄酒等的生產中都有應用。此外，厭氧發酵還被用于處理各類有機廢棄物，產生沼氣等。某些細菌發酵物具有低劑量、高效率、安全性良好、適用的pH范圍寬以及不會使微生物產生抗性等優點。湖北微生物發酵
在環保工業領域，發酵工程技術也展示出廣闊的應用前景。數據顯示，我國每年由于固體廢棄物造成的經濟損失累計約80億元，而這些廢棄物中有大量的有機物，利用微生物發酵技術可以對廢棄物進行無害化、資源化、減量化處理，變廢為寶。比如有機廢物經堆肥化處理后能變成優良的土壤改良劑和質量肥料。還有針對食品加工產生的廢水，利用酵母循環系統可有效處理，處理后產生的污泥也可作為飼料或肥料而加以利用。相比細菌的活性污泥法，酵母循環系統處理能力是細菌法的5至7倍，能高效地利用資源。天津生物發酵單價微生物發酵過程根據發酵條件要求分為好氧發酵和厭氧發酵。
目前，在發酵工業上氧的利用率是很低的。在發酵方面，被微生物利用的氧不超過空氣含氧量的2％。在谷氨酸發酵方面，氧的利用率為10％~30％。就是說，有大量的經過凈化處理的無菌空氣被浪費掉。因此，提高供氧效率，就能較大的降低空氣消耗量，減少動力消耗，且減少染菌機會，減少泡沫形成，提高設備利用率。
一般情況下，對于一個穩定的發酵工藝下，如果總是在固定的發酵時間段出現溶菌現象，而且能排除噬菌體和染菌的可能性后，那就可能是因為碳氮比不合理造成的。可以適當調整碳氮比。
發酵原理的主要內容是微生物復雜系統運行的自然規律（即微生物生命活動的三個基本假說）。代謝能支撐假說（生命活動的前提，動力）暗示：微生物活細胞是耗散結構，這種結構依靠代謝能來支撐。這個假說體現了生命活動的空間性（方位排列的有序）、時間性（周期變化的有序）。代謝網絡假說（生命活動的內容，結構）顯示：代謝網絡是細胞代謝活動的運行圖。這個假說體現了生命活動的整體性、流動性、層次性。細胞經濟假說（生命活動的法則，控制）揭示細胞經濟的運行原理，它們體現了細胞代謝活動的自主性。使空氣通過經高溫滅菌的介質過濾層，將空氣中的微生物等顆粒阻截在介質層中，從而達到除菌的目的。
釀酒酵母（Saccharomyces cerevisiae），又稱面包酵母或者出芽酵母。釀酒酵母細胞有兩種生活形態：單倍體和二倍體。釀酒的比較適合生長溫度為28℃，但也可以在適當的高溫下生長。作為一種單細胞真核生物，釀酒酵母具有一切真核細胞生命活動**基本特征，又有實驗所需微生物應具備的背景清楚、生長迅速、操作方便等許多優點。現代遺傳學、細胞生物學、生物化學中許多規律性認識都是由酵母菌為實驗材料研究出來的。釀酒酵母被認為是相當有潛力的大規模生產菌種。生長因子是一類通過與特異的、高親和的細胞膜受體結合，調節細胞生長與其他細胞功能等多效應的多肽類物質。新疆綠色發酵哪里好
初級代謝產物：微生物通過初級代謝途徑，產生微生物自身生長繁殖所必需的代謝產物。湖北微生物發酵
大量事實表明：一般多菌種混合發酵飼料效果遠遠好于單一菌種的發酵。單一菌種發酵的特點：乳酸菌，厭氧菌，發酵碳水化合物時產生大量乳酸，對G+G-菌都有很強的抑菌效果；芽孢桿菌，產生芽孢的好氧菌，耐受高溫、高壓和酸堿。生命力強，代謝可產生蛋白酶和B族維生素等，對飼料的降解消化吸收和動物的營養代謝起到促進作用；酵母菌，菌體中含有非常豐富的蛋白質、B族維生素、脂肪、糖、酶等多種營養成分，可提高動物的生產性能，減少應激。多菌種混合發酵的優勢：利用菌種之間的協調互作關系，擴大對原料的適應性和防雜菌能力。一般的組合乳酸菌+芽孢桿菌；乳酸菌+芽孢桿菌+酵母菌；酵母菌+米曲霉菌等。湖北微生物發酵
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